Виталий Ботнарь – воспитанник академии столичного «Локомотива. Выступал за молодёжку железнодорожников (в том числе в юношеской лиге УЕФА) и фарм-клуб «Локомотив-Казанка». Большую часть карьеры провёл в московском «Торпедо» (89 матчей за автозаводцев во всех турнирах, включая РПЛ), победитель и серебряный призёр Первой лиги.
Перед сезоном 2023-24 перешёл в «Пари НН», где за полгода сыграл 4 матче в Кубке, после чего вернулся в «Торпедо», за которое выступал до окончания сезона 2024-2025. Выступал за юношеские сборные России U16, U17, U18, U19 (15 матчей в различных турнирах), привлекался к тренировкам молодёжной сборной.